Это вопрос об угадывании pandas dtype.
Pandas видит числа и догадки , вы хотите, чтобы это были числа.
Чтобы панды не сомневались ваши намерения, вы должны установить нужный тип dtype: object
pd.read_csv('filename.csv', dtype={'leading_zero_column_name': object})
Будет делать трюк