Ограничение веб-сайтов. См. Раздел «Нативные модули» в http://azure.microsoft.com/en-us/documentation/articles/nodejs-use-node-modules-azure-apps/ .
Обходное решение / разрешение - установить все модули в окне разработчика Windows и включить node_modules в качестве части развертывания git.