Я столкнулся с этой проблемой при установке Testlink на сервере Ubuntu, я применил эти шаги
mysql -u root
use mysql;
update user set password=PASSWORD("root") where User='root';
flush privileges;
quit
Теперь остановите экземпляр и запустите снова i.e
sudo /etc/init.d/mysql stop
sudo /etc/init.d/mysql start