Строки Bootstrap всегда содержат свои поплавки и создают новые строки. Вам не нужно беспокоиться о заполнении пустых столбцов, просто убедитесь, что они не содержат больше 12.
<link rel="stylesheet" href="//maxcdn.bootstrapcdn.com/bootstrap/3.2.0/css/bootstrap.min.css">
<div class="container">
<div class="row">
<div class="col-xs-3 col-xs-offset-9">
I'm a right column of 3
</div>
</div>
<div class="row">
<div class="col-xs-3">
I'm a left column of 3
</div>
</div>
<div class="panel panel-default">
<div class="panel-body">
And I'm some content below both columns
</div>
</div>
</div>