Инструмент для обфускации сценариев оболочки: http://www.comp.eonworks.com/scripts/obfuscate_shell_script-20011012.html
Отчасти глупый, но это зависит от вас. Существуют также способы «скомпилировать» ваш сценарий оболочки в исполняемый файл. Этот принятый ответ сообщения дает несколько ссылок с инструментами для этого.