Чтобы избежать выхода программы из исключения исключения, вы можете просто обернуть оператор ввода принимающего пользователя с помощью try / catch:
try {
cw_Mark[i] = input.nextInt();
} catch(InputMismatchException e) {
System.out.println("Entered value is not a number");
}