Это должно сделать это:
while(true)
{
try {
System.out.println("Please Enter Your Module " + (i+1) + " Coursework Mark: ");
cw_Mark[i] = input.nextInt();
if(cw_Mark[i}>=0&&cw_Mark[i]<=100)
break;
} catch(InputMismatchException e) {
System.out.println("Needs a number.");
}
System.out.println("Needs a number from 1 to 100");
}
Это приведет к сбою любых плохих значений и продолжит предлагать вашему пользователю дать вам правильные значения до тех пор, пока они этого не сделают.
Изменить: вам просто нужно вставить это в том месте, где у вас в настоящее время есть
System.out.println("Please Enter Your Module " + (i+1) + " Coursework Mark: ");
cw_Mark[i] = input.nextInt();
И вытащите чек на 0 - 100. Там ничего хорошего не делается, он не проверяет в нужном месте сделайте разницу.