К сожалению, запись в обычные файлы в настоящее время невозможна (несмотря на принятый ответ Изменение локальных файлов с использованием HTML5 и JavaScript ).
Вы можете писать только в изолированную файловую систему.
FYI, вы можете сделать это в Chrome Packaged App: http://developer.chrome.com/apps/fileSystem.html Но даже тогда пользователь должен хотя бы выбрать файл сначала. Запись в любой файл будет серьезной дырой в безопасности.
Какую проблему вы действительно пытаетесь решить?