Как и в большинстве ответов, это действительно зависит: чего вы пытаетесь достичь с помощью вашей отладки? Базовая разработка, устранение проблем с производительностью? Для базового развития все предыдущие ответы более чем адекватны.
Для тестирования производительности я рекомендую Firebug. Способность профилировать, какие методы являются самыми дорогими с точки зрения времени, неоценима для ряда проектов, над которыми я работал. Поскольку библиотеки на стороне клиента становятся все более и более надежными, и большая ответственность лежит на стороне клиента в целом, этот тип отладки и профилирования станет более полезным.
API-интерфейс Firebug: http: //getfirebug.com/console.html