Вы можете использовать эту библиотеку с открытым исходным кодом https://sourceforge.net/projects/ntfsreader/ , написанную на C # Дэнни Кутюром.
Я протестировал ее и ее производительность хорошая. Он может анализировать диск NTFS с более чем 100000 записью (файлом и папкой) менее чем за 2 секунды.