Я бы поместил их в ваш файл .gitignore
и просто скопировал их вручную по мере необходимости.
Таким образом, имя файла скелета было бы в git, имена файлов игнорирования не были бы в git (но были бы в .gitignore). Таким образом, когда ручной шаг, чтобы скопировать их в «фактический» из «шаблона» (возможно, лучше, чем скелет), они сразу игнорируются.