В JavaScript, как я могу получить данные, хранящиеся в файле JSON?

Было бы лучше создать конвертер, который при необходимости создавал бы словарные объекты. Это то, что было разработано для Newtonsoft.Json.Converters.CustomCreationConverter<T>.

Вот одна из реализаций, которые могут создавать словари, для которых требуются пользовательские сопоставления.

public class CustomComparerDictionaryCreationConverter<T> : CustomCreationConverter<IDictionary>
{
    private IEqualityComparer<T> comparer;
    public CustomComparerDictionaryCreationConverter(IEqualityComparer<T> comparer)
    {
        if (comparer == null)
            throw new ArgumentNullException("comparer");
        this.comparer = comparer;
    }

    public override bool CanConvert(Type objectType)
    {
        return HasCompatibleInterface(objectType)
            && HasCompatibleConstructor(objectType);
    }

    private static bool HasCompatibleInterface(Type objectType)
    {
        return objectType.GetInterfaces()
            .Where(i => HasGenericTypeDefinition(i, typeof(IDictionary<,>)))
            .Where(i => typeof(T).IsAssignableFrom(i.GetGenericArguments().First()))
            .Any();
    }

    private static bool HasGenericTypeDefinition(Type objectType, Type typeDefinition)
    {
        return objectType.IsGenericType && objectType.GetGenericTypeDefinition() == typeDefinition;
    }

    private static bool HasCompatibleConstructor(Type objectType)
    {
        return objectType.GetConstructor(new Type[] { typeof(IEqualityComparer<T>) }) != null;
    }

    public override IDictionary Create(Type objectType)
    {
        return Activator.CreateInstance(objectType, comparer) as IDictionary;
    }
}

Обратите внимание, что этот конвертер будет применяться к все словарные типы, где ключ ковариантен с T, независимо от типа значения.

Затем использовать его:

var converters = new JsonConverter[]
{
    new CustomComparerDictionaryCreationConverter<string>(StringComparer.OrdinalIgnoreCase),
};
var dict = JsonConvert.DeserializeObject<Dictionary<string, Dictionary<string, object>>>(jsonString, converters);