В R. Нет никакого «процентного» типа. Поэтому вам нужно выполнить некоторую пост-обработку:
DF <- read.table(text="actual,simulated,percent error
2.1496,8.6066,-300%
0.9170,8.0266,-775%
7.9406,0.2152,97%
4.9637,3.5237,29%", sep=",", header=TRUE)
DF[,3] <- as.numeric(gsub("%", "",DF[,3]))/100
# actual simulated percent.error
#1 2.1496 8.6066 -3.00
#2 0.9170 8.0266 -7.75
#3 7.9406 0.2152 0.97
#4 4.9637 3.5237 0.29