Кажется, что cursor.copy_from или copy_to не поддерживает котировочные листы. решение - использовать copy_expert.
import psycopg2
f_cm = open('cm.sql', 'r')
constr = "dbname='mydb' user= 'pgsql' host='127.0.0.1'"
db = psycopg2.connect(constr)
st = db.cursor()
copy = "COPY mytable(col1,col2, col3) FROM STDIN with csv"
st.copy_expert(sql=copy, file=f_cm)
db.commit()
st.close()
db.close()