Поместите выделенный текст в переменную моего приложения

Используйте jline3 :

Пример:

Terminal terminal = TerminalBuilder.builder()
    .jna(true)
    .system(true)
    .build();

// raw mode means we get keypresses rather than line buffered input
terminal.enterRawMode();
reader = terminal .reader();
...
int read = reader.read();
....
reader.close();
terminal.close();