apktool - лучшее, что вы можете попробовать. Я сохранил некоторые xml с ним, но, честно говоря, я не знаю, как это будет работать с кодом .java.
Я бы рекомендовал вам иметь репозиторий кода, даже если ваш единственный кодер. Я использовал Project Locker для своих собственных проектов. Это дает вам бесплатные svn и git repos.