В качестве продолжения, поскольку я просто столкнулся с одной и той же проблемой, другой причиной для EGit, обнаруживающей все измененные файлы, является проблема с правами на доступ к POSIX, по крайней мере, при использовании вместе с git для Cygwin.
это исправит; однако имейте в виду, что это также означает, что они игнорируются тогда:
$ git config core.filemode false