Подстановка команды Powershell через SSH

Просто используйте два для циклов:

var rowNum = 3;
var colNum = 3;
var k = 0;
var dest = new Array(rowNum);

for (i=0; i<rowNum; ++i) {
  var tmp = new Array(colNum);
  for (j=0; j<colNum; ++j) {
    tmp[j] = src[k];
    k++;
  }
  dest[i] = tmp;
}