Используйте опцию --outDir
на tsc (настроенную в файловом Watcher в IntelliJ)
В документации по командной строке
--outDir DIRECTORY Redirect output structure to the directory.
Редактировать
Начиная с Typcript 1.5, это также можно установить в файле tsconfig.json
:
"compilerOptions": {
"outDir": "DIRECTORY"
...