Если вам нравится сопоставлять структуру каталогов в папке app / scripts в js, я бы предложил использовать следующие настройки для вашего наблюдателя файлов:
Arguments: --sourcemap --outDir $ProjectFileDir$/js/$FileDirPathFromParent(scripts)$ $FileName$
Working Directory: $FileDir$
Output Paths To Refresh: $ProjectFileDir$/js/$FileDirPathFromParent(scripts)$/$FileNameWithoutExtension$.js:$ProjectFileDir$/js/$FileDirPathFromParent(scripts)$/$FileNameWithoutExtension$.js.map