Я предполагаю, что вы говорите о столбце «стол» в строке 5. Это может быть так, что в файле data2.csv ячейка содержит пробел и, следовательно, не считается пустым по R.
Кроме того, я заметил, что в строке 5 столбцов «оси» и «дверь», , исходные значения, считанные из data2.csv, являются строками «NA». Вы, вероятно, захотите относиться к ним как к nststrings. Для этого
dat2 <- read.csv("data2.csv", header=T, na.strings=c("","NA"))
EDIT:
Я скачал ваши данные2.csv. Да, в строке 5 столбцов «секс» есть пробел. Итак, вы хотите
na.strings=c(""," ","NA")