Панды read_csv / to_csv производят противоречивые результаты

Вы можете манипулировать запросом с помощью класса db и передать параметр LEFT OUTER в join, см. ниже

$this->db->select("c.c_id, c.c_name, p.phone_no")
->join("Phone AS p", "p.p_flex_id=c.c_id AND p.g_id'='1' AND p.ct_id='3'", "LEFT OUTER")
->get("Company AS c")