ng-repeat элементы из объекта javascript, не повторяющиеся в ожидаемом порядке

Да. prototype = так же плохо, поэтому формулировка «независимо от того, как это делается». prototype - псевдообъект для расширения функциональности на уровне класса. Его динамическая природа замедляет выполнение скриптов. С другой стороны, добавление функции на уровне экземпляра требует гораздо меньших затрат.