Как сопоставить несколько объектов одному объекту, который имеет исходные объекты в качестве свойств?

Просто вы не должны использовать конструкцию fx: root в построителе сцен. поэтому удалите эту строку кода из файла fxml.

Например: <fx:root prefHeight="246.0" prefWidth="479.0" type="AnchorPane" xmlns="http://javafx.com/javafx/8.0.141" xmlns:fx="http://javafx.com/fxml/1" fx:controller="application.mycontroller">