Если вам действительно нужна возможность убить подзадачу, используйте альтернативную реализацию. multiprocessing
и gevent
обе поддерживают без разбора «поток».
Threading Python не поддерживает отмену. Даже не пытайся. Ваш код, скорее всего, затормозит, испортит или пропустит память или будет иметь другие непреднамеренные «интересные» трудно отлаживающие эффекты, которые бывают редко и недетерминированно.