Перенос Jms-очереди из Jboss в tomcat

Нет. JavaScript - это клиентская технология и не может ничего делать на сервере. Однако вы можете использовать AJAX для вызова сценария на стороне сервера (например, PHP), который может вернуть необходимую вам информацию.

Если вы хотите использовать AJAX, самым простым способом будет использование jQuery:

$.post("someScript.php", function(data) {
   console.log(data); //"data" contains whatever someScript.php returned
});