В моем случае проблема была связана с настраиваемым каталогом сборки в настройках сборки. Создатель Qt искал Makefile в каталоге сборки.
При использовании Qt creatror для проектов Qt я обычно устанавливал каталог сборки в нечто обычное, но здесь это неразумно:)