приложение phonegap разрешено только безопасное происхождение

Он использует stat_identity, как видно из документации. Вы можете легко проверить это:

DF <- data.frame(x=c(rep(1:2, 2), 1), 
                 y=c(rep(1:2, each=2), 1), 
                 fill=1:5)

#  x y fill
#1 1 1    1
#2 2 1    2
#3 1 2    3
#4 2 2    4
#5 1 1    5

p <- ggplot(data=DF) +
  geom_tile(aes(x=x, y=y, fill=fill))

print(p)

[/g0]

Как вы видите, значение заполнения для комбинации 1/1 равно 5. Если вы используете факторы, это еще более ясно, что происходит:

p <- ggplot(data=DF) +
  geom_tile(aes(x=x, y=y, fill=factor(fill)))

print(p)

[/g1]

Если вы хотите изобразить средства, я бы предложил рассчитать их вне ggplot2:

library(plyr)
DF1 <- ddply(DF, .(x, y), summarize, fill=mean(fill))
p <- ggplot(data=DF1) +
  geom_tile(aes(x=x, y=y, fill=fill))

print(p)

[/g2]

Это проще, чем пытаться выяснить, может ли stat_summary играть с geom_tile каким-то образом (я сомневаюсь).