В качестве альтернативы ответу @ Greg's вы можете считывать весь файл в массив, пропускать первые X много записей, а затем переписывать массив в файл.
В качестве подхода: http://us3.php.net/manual/en/function.file-get-contents.php
$fle = file_get_contents("filename");
// skip X many newlines, overwriting the contents of the string with ""
// http://us3.php.net/manual/en/function.file-put-contents.php
file_put_contents("filename", $fle);