У меня была такая же проблема в окнах eclipse, что я не мог добавить файлы зависимых .class из JNI. Чтобы решить эту проблему, я портировал весь код в среду IDE NetBeans.
Невозможно добавить все файлы классов из папки JNI / JNA в Eclipse (JAVA, Windows 7)