В PHP 5+ объекты передаются по ссылке. В PHP 4 они передаются по значению (поэтому у него было время выполнения по ссылке, которое устарело).
Вы можете использовать оператор «clone» в PHP5 для копирования объектов:
$objectB = clone $objectA;
Кроме того, это просто объекты, которые передаются по ссылке, а не все, как вы сказали в своем вопросе ...