PyCharm показывает «PEP8: ожидается 2 пустых строки, найдено 1»

Вы можете попробовать is(). Это то, на что полагаются функции lubridate is.Date и is.POSIX*.

x <- Sys.time()
class(x)
# [1] "POSIXct" "POSIXt" 
is(x, "Date")
#v[1] FALSE
is(x, "POSIXct")
# [1] TRUE

y <- Sys.Date()
class(y)
# [1] "Date"
is(y, "POSIXct")
# [1] FALSE
is(y, "Date")
# [1] TRUE