Как избежать использования тегов заголовка HTML в Jsoup?

вы не можете использовать | здесь, так как он обрабатывается оболочкой. либо используйте sh -c, чтобы выполнить или протолкнуть себя. См. http://groovy.codehaus.org/Process+Management

def p = ['sh', '-c', 'ls /tmp | grep groovy'].execute()
p.waitFor()
println p.text

или

def p1 = 'ls /tmp'.execute()
def p2 = 'grep groovy'.execute()
p1 | p2
p2.waitFor()
println p2.text