Интерфейс к объектам C ++ через внешние функции «C»

Это может помочь тем, кто использует Java 8. Используйте java.util.Base64.

Кодирование байтового массива в String:

String encodedString = java.util.Base64.getEncoder().encodeToString(byteArray);
JSONObject.put("encodedString",encodedString);

Декодировать массив байтов из String:

String encodedString = (String) JSONObject.get("encodedString");
byte[] byteArray = java.util.Base64.getDecoder().decode(encodedString);