Предотвратить аккуратное добавление тегов HTML

Попробуйте параметр show-body-only .

например,

$s = '<form method="post" action="?"><table><tr><td><input tpye="submit"></table>';
echo tidy_parse_string($s, array('show-body-only'=>true, 'indent'=>true));

печатает

<form method="post" action="?">
  <table>
    <tr>
      <td>
        <input tpye="submit">
      </td>
    </tr>
  </table>
</form>

(строка была исправлена ​​и с отступом, но не добавлена ​​оболочка HTML / body ). Можно комбинировать с опцией output-xhtml , которая в этом случае также добавит косую черту для пустого элемента ввода.