Попытка добавить 1 к текущему значению поля с MySQL, но не могу понять, что не так с моим синтаксисом

Во-первых, обратите внимание, что вы не используете шаблоны регулярных выражений. Ваш первый пример должен быть:

list.files(pattern='data-.*\\.csv', recursive=TRUE)

. Тогда кажется, что соответствие шаблону внутри list.files применяется к базовым именам файла (то есть, не включая путь к каталогу), поэтому вы можете разбить задачу на:

1. Найти все файлы, соответствующие только базовому имени, вернуть их полные пути:

   basename.matches <- list.files(pattern='data-.*\\.csv', recursive=TRUE,
                                  full.names = TRUE)
   basename.matches
   # [1] "./results/A/data-1.csv" "./results/A/data-2.csv" "./results/B/data-1.csv"
   # [4] "./results/B/data-2.csv"
   

2. Хранить только те, которые соответствуют ожидаемой директории (ies):

   full.matches <- grep(pattern='^\\./results/A/', basename.matches, value = TRUE)
   full.matches
   # [1] "./results/A/data-1.csv" "./results/A/data-2.csv"