Я думаю, что файл хранилища ключей, который вы хотите использовать, имеет другой или неподдерживаемый формат в отношении вашей версии Java. Не могли бы вы разместить дополнительную информацию о своей задаче?
В общем, для решения этой проблемы вам может потребоваться воссоздать все хранилище ключей (например, с использованием другой версии JDK). В export-import ключи между старым и новым - если вам удастся открыть старое где-то еще.
Если это просто неподдерживаемая версия, попробуйте BouncyCastle crypto provider, например (хотя я не уверен, если он добавляет поддержку Java для большего количества типов хранилищ?).
Изменить: я просмотрел спецификацию спецификации BC.