Как представить поля MongoDB GeoJSON в схеме Mongoose?

Fopen for write return NULL в первом запуске?

Я заметил, что пока вы держите открытые файлы для записи, но не закрываете их.

Попробуйте добавить fclose ( outFile) после fwrite:

outFile =  fopen ( current_file_name , "wb" );    
fwrite(output, sizeof( char ), bytes_read, outFile); 
fclose(outFile)

Возможно, вы открываете больше файлов, чем позволяет ваша ОС.