Как я могу анимировать компонентact.js по клику и определить конец анимации

Если все, что вы хотите сделать, это запустить ваш основной класс (без компиляции файлов .java, на которых основной класс не зависит), вы можете сделать следующее:

cd <root-package-directory>
javac <complete-path-to-main-class>

или

javac -cp <root-package-directory> <complete-path-to-main-class>

javac автоматически разрешит все зависимости и скомпилирует все зависимости.