Уже существующие ответы, похоже, касаются только самих файлов * .java, а не того, как легко сделать это с библиотечными файлами, которые могут понадобиться для сборки.
Хорошая однострочная ситуация который рекурсивно получает все * .java-файлы, а также включает * .jar-файлы, необходимые для построения:
javac -cp ".:lib/*" -d bin $(find ./src/* | grep .java)
Здесь файл bin является местом назначения файлов классов, lib (и, возможно, текущего рабочего каталога ) содержат файлы библиотеки, и все java-файлы в каталоге src и ниже компилируются.