Вы должны использовать что-то вроде Ant для этого иерархически:
http://ant.apache.org/manual/Tasks/javac.html
Вам нужно будет создать скрипт сборки с целевым компилятором, содержащим следующее:
Тогда вы сможете скомпилировать все файлы, выполнив:
ant compile
В качестве альтернативы импортируйте проект в Eclipse, и он автоматически скомпилирует все исходные файлы для этого проекта.