Умножьте все ваши значения z на 9,
ax.scatter(x, y, 9*z, zdir='z', c= 'red')
И затем дайте метки и интервалы между графиками на оси z.
ax.ZTick = [0,-9*50, -9*100, -9*150, -9*200]; ax.ZTickLabel = {'0','-50','-100','-150','-200'};