Pandas обладает очень мощной функцией groupby, которая делает это очень простым.
import pandas as pd
n = np.array([[1,2,3],
[1,4,6],
[2,3,5],
[2,6,2],
[3,4,8]])
df = pd.DataFrame(n, columns = ["First Col", "Second Col", "Third Col"])
df.groupby("First Col").sum()