Более короткий ответ: сгладьте массив данных, упорядоченных по столбцам, затем
//$array = array( '1','2','3','4','5', '1','2','3','4','5');
$arCount = count($array);
$rCount = ($arCount ? $arCount - 1 : 0);
$criteria = sprintf("(?,?,?,?,?)%s", str_repeat(",(?,?,?,?,?)", $rCount));
$sql = "INSERT INTO table(c1,c2,c3,c4,c5) VALUES$criteria";
. При вставке 1000 или около того записей вам не нужно будет перебирать каждую запись, чтобы вставить их, когда все вам нужно подсчитать значения.