Вы можете исключить каталоги с --exclude
для tar.
Если вы хотите архивировать все, кроме /usr
, вы можете использовать:
tar -zcvf /all.tgz / --exclude=/usr
В вашем случае возможно что-то как
tar -zcvf archive.tgz arc_dir --exclude=dir/ignore_this_dir