Из javadocs
next () Возвращает следующий токен, если он совпадает с шаблоном, построенным из указанной строки. nextLine () Адаптирует этот сканер к текущей строке и возвращает вход, который был пропущен.
Какой из них вы выбираете, зависит от ваших потребностей. Если бы я читал целый файл, я бы пошел на следующую строку, пока у меня не было всего файла.