Из версии 0.20.0 используйте MultiIndex.remove_unused_levels
:
print (df.index)
MultiIndex(levels=[['CAN', 'USA'], ['total']],
labels=[[1], [0]],
names=['country', 'sex'])
df.index = df.index.remove_unused_levels()
print (df.index)
MultiIndex(levels=[['USA'], ['total']],
labels=[[0], [0]],
names=['country', 'sex'])