Как настроить cron для запуска моего скрипта каждые 40 минут / 25 минут?

Прямой ответ на ваш вопрос

Есть ли программное обеспечение для измерения этого?

Да, есть. Мне интересно, почему никто еще не упомянул об этом. Хотя предложенные выше ответы кажутся прекрасными для быстрой проверки, но не масштабируемы в долгосрочной перспективе или для более крупного проекта.

Почему бы не использовать инструмент мониторинга производительности приложений (APM), который построен именно для этого и намного больше. Ознакомьтесь с NewRelic, AppDynamics, Ruxit (у всех есть бесплатная версия), чтобы контролировать время выполнения, использование ресурсов, пропускную способность каждого приложения на уровне метода.