Запустите скрипт оболочки при входе в Mac OS (OS X)

Вы пытаетесь вызвать метод из строки. Это не относится к pymongo.

Вы можете использовать getattr, чтобы увидеть, существует ли строка как атрибут вашего объекта db, а затем вызвать его.

например.

my_collection = getattr(col, 'my_collection')
my_collection.update()

edit: Обратите внимание, что использование метода getattr позволяет обрабатывать исключения в случае, если строка не является методом или атрибутом col.