Существуют три версии : сборка, файл и продукт. Они используются различными функциями и принимают разные значения по умолчанию, если вы не указали их явно.
string assemblyVersion = Assembly.GetExecutingAssembly().GetName().Version.ToString();
string assemblyVersion = Assembly.LoadFile('your assembly file').GetName().Version.ToString();
string fileVersion = FileVersionInfo.GetVersionInfo(Assembly.GetExecutingAssembly().Location).FileVersion;
string productVersion = FileVersionInfo.GetVersionInfo(Assembly.GetExecutingAssembly().Location).ProductVersion;